厉害了，液体前列腺！cfDNA伴随诊断成功案例分析

引子

近期，Grail打算投资者10亿美元构想招募7000初诊癌症和3000 身心健康这群人，致力于血检更早病因标记物的开发设计[1]。肾脏探测要激化了吗？从应用领域不明智和用到者的角度吐槽一下固体该组织学的重大突破和发展前景。抛砖引玉。节录固体该组织学与传统习俗该组织该组织学的优劣势相当前年初积极参与固体该组织学会议的时候，还觉得它离实际应用领域还远，FDA的手册也含糊其词。一年多过去，仍然有多款固体该组织学有如病因其产品获颁FDA批复，或仍然给予不乏病因数据资料，打算审报了。固体(肾脏) 该组织学的工业发展居然可以用日新月末异来形容。固体该组织学主要之外肾脏里的气化细胞（circulating tumor cells，CTCs)， cell-free DNAs (cfDNA)， 外泌体（exosome）等。CTCs 火神了几年，在2013年到达高峰后发掘不止应用领域有许多局限，被略长时间崛起的cfDNA取代。外泌体发掘不止还相当新，虽然工业发展略长时间，但离应用领域还有距离。这里主要讨论cfDNA的重大突破，主要是有如病因和本品实时之外的应用领域。血检与该组织探测相较占有优势在于：方便，快速速，略长时间内，便宜，PET。极其重要的是，血检只能挽救许多该组织样本无法获颁得 (when tissue is an issue)，或该组织样本数幅度、质幅度不高的病变获颁得组分疗法，或参与病因研究的希望。比如，完成超过30，000病因测试的Guardant Health另据，血检工具挽救了将近50.2%的病因病变的组分甲基化DNA的资讯，这些病变要么该组织样本无法获颁得，要么样本质幅度不高，很难探测到肇因甲基化。不是所有细胞则会将甲基化的破碎DNA拘禁到肾脏里，相同品种的的血检检不止不下也不一致。据Guardant Health的另据，肝癌检不止不下最低，约为92%，非小细胞肝癌89%，略高于的外膜母细胞瘤检不止不下只有57%。这是血检的最大的限制性硬伤之一。也是该组织该组织学永远都系数得注意的依据所在 (仍旧是金标准化)。肾脏cfDNA探测还有许多其它吸引力因素，比如：· DNA片段小，50-200 bp（峰系数165 bp）。· 锝略长，30 分钟，之后稳固。· 低含幅度/丰度：低nM/mL 肾脏。· 随着治果的增高，DNA比不下大幅减少。· 正常细胞DNA的环境污染。血检在非小细胞肝癌的应用领域随着应用领域的不停改进，血检仍然夺得极大的事与愿违。血检重大突破平均速度速和最成熟期的也是上有最迫切生产力的是肝癌组分疗法的有如病因。肝癌病人多，死亡不下高，组分本品生产重大突破快速。同时肝癌该组织采样难于，凶险，很难肇因并发症。肝癌病因医生和病变对血检的生产力是最全力的。肝癌血检重大突破平均速度速的是EGFR适合于甲基化的探测。EGFR甲基化在欧美这群人占非小细胞肝癌的15%以上，是个相当多的病变这群人。在国内比不下将近25%以上。FDA去年仍然批复了Roche的cobas血检试剂盒主要用途梯队EGFR甲基化的乙酰细胞激酶组分有如病因 (2016-6-1)，以及西段三代AZD9291（TAGRISSO）的有如病因 (2016-9-28)。根据仍然发表的EGFR T790MHIV病变的数据资料，该组织该组织学给予的病因试验数据资料上都转发不下（ORR）为62%，无重大突破生存期（PFS）为9.7个月末，血检的ORR为63%，PFS为9.7月末。二者数据资料极其吻合[2]。血检与该组织该组织学连续性也较低。许多其它的该公司其产品里都涵盖EGFR的甲基化探测。以外商品化血检试剂盒综合阿斯利康 (AZD) 花费了大幅度的精力来探测三代AZD9291的诱导抗药性甲基化系统，最在此之后报告数据资料显示约有20%的抗药性甲基化由C797S甲基化组成 (100 由此可知病变数据资料)，即甲基化了AZD9291的共价交合启动子。这个比不下比过去的另据要低[3]。期待先前的该组织该组织学数据资料另据，可以相当二者的连续性。其它的甲基化多为大以外分布。同时，AZD也在探测内在 (原发) 甲基化系统，极其多的数据资料在上周的AACR上不应有极其新。至于用NGS多组合(panel) 探测，Guardant Health 在推不止Guardant 360后，又进一步推不止Guardian 500+， 与多个大型制药该公司合作，主要用途病因探测，检验潜在的系统性甲基化DNA。这与NCI正在完成的伞式（umbrella）和篮式（basket）病因试验的最大限度是吻合的。即大规模检验病变这群人的可组分甲基化，推进，加速组分本品的用到和开发设计会话。当然，组合也不是越少大越少好，如果入选的甲基化DNA不是传动装置肇因甲基化，或者不可组分，没法对外科手术提供病因意义，意义毕竟较大，徒增成本。NGS panel与PCR工具相较，代表了未来极其新技术的应用领域。举由此可知来说，用到者用相同该公司的其产品得不止的交果差异性还较大[4]。AZD的转化部门的VP Carl Barrett 甚至得不止结论了几种主流其产品20%吻合不下的系数，最让人大掉下巴。Barrett提到，正在用商品化的肾脏和该组织样本来相当相同该公司的其产品的可靠性，交果但会在上周AACR年会后披露。似乎，相较PCR的工具，NGS在血检上还并不需要进一步一直减少适合于性和连续性。从辉瑞披露的ALK 融入甲基化3代ALK类固醇Lorlatinib的肾脏cfDNA ALK甲基化病因数据资料，我们只能给予哪些简单的资讯呢？他们用的是BEAMing dPCR 的工具[5]。明显感到著者对工具的灵活性极其愤怒，因为ALK的抗药性甲基化品种较多，得随着病因重大突破不停调整PCR引物和催化条件。从38由此可知病变的肾脏cfDNA里，探测到有14由此可知病变有ALK抗药性甲基化。这个比不下与过去另据的该组织探测数据资料相当。同时，ALK的甲基化品种，比不下分布模式也与过去的另据类似。肾脏该组织学与过去的该组织该组织学相较，只能探测到极其丰富的信号。甲基化的互补再次给予验证。过去该组织检查的交果，大多抗药性甲基化为ALK举由此可知来说甲基化，只有个别是双甲基化。但肾脏探测到的交果则显示，有一半的病变的ALK抗药性甲基化等于或多于2个甲基化，总计的有4个甲基化。Lorlatinib的ALK活性大幅减少，比一代ALK类固醇Crizotinib的活性减少了20-50倍，病因前数据资料表明，它只能借助几乎所有的ALK抗药性甲基化，同样对门控甲基化L1196M有很高的活性。但最让人困惑地是，在所有涵盖L1196M的六由此可知甲基化病变里，有三由此可知属于有效性催化，另外三由此可知功效不佳。根据过去的另据，功效不佳的病变，有较大的可能是由于Src活性增高造成的内在抗药系统叠加引起的[6]。Src甲状腺激素活性增高无法用DNA探测的工具辨别到，只能依靠细胞组学的资讯。这也从侧面反映不止DNA探测不是万能的，还要与其它有效性的工具借鉴，互补。Lorlatinib的ALK抗药性甲基化有一由此可知另据，即L1198F[7]。（肾脏该组织学的交果里还很难发掘不止同样的甲基化）这个在此之后抗药性甲基化没法被二代ALK类固醇借助，却对一代ALK类固醇Crizotinib极其适合于，从而成型一个良性气化 (loop) 本品并不需要，把恶性分解成可管控的慢性病。这不应是在发掘不止之后外科手术者伎俩之前我们对组分疗法期望里期望的“小最大限度”了。血检在交直肠癌、肺脏癌上的应用领域除了肝癌，更早转移性交直肠癌（mCRC）是血检工业发展较快速的。即KRAS甲基化的探测。它不是主要用途KRAS本身的组分（还很难有效性的如此一来组分本品，本品科学家加油！），而是用来导师EGFR突变本品 (如cetuximab)，即有RAS野生型的病变对EGFR突变有效性，KRAS甲基化的病变功效不显着。德国的Merck在这个路径最全力。与Sysmex合作开发设计OncoBEAM探测仪器主要用途KRAS病因有如探测，与该组织该组织学的连续性翻倍>92%[8]。与Biocartis合作开发设计傻瓜型病因一体化仪器（研究用）。只要把1mL肾脏加入到探测仪器里，130 分钟后自动不止交果。号称10岁的小孩就可以操作。除了有如病因，KRAS血检还可以主要用途本品治果，导师本品，施打决定。如有另据的病由此可知，EGFR突变用到造成野生型的RAS引发甲基化，疟疾重大突破后同意停止用到EGFR突变，并用到其它外科手术工具，等KRAS甲基化探测深褐色阴性后，可以一直用到EGFR突变。这些方便，灵敏，对病变友好的RAS甲基化状态的特性监测，正是血检的占有优势所在，受到医生病变的全力响应。虽然KRAS甲基化在非小细胞肝癌里占的比不下将近25%以上，但由于很难有效性的如此一来组分KRAS的本品可以用到，所以KRAS甲基化资讯在肝癌病变里对外科手术的导师意义举由此可知来说还很有限，好在免疫疗法对KRAS甲基化转发不下还很好。近期在EORTC-NCI-AACR会议上另据的肺脏癌（GISTs）的一期病因处理过程里，美妙地应用领域了固体该组织学的伎俩，cKIT和PDGFR的抗药性甲基化特性变化。Imatinib（Gleevec）在CML上有但会神药的美誉，但在在肺脏的组分甲基化上，却很快速就产生了抗药性甲基化。BLU-285和DCC-2618就是结构设计不止来的二代，用来借助一代的抗药性甲基化。常规血样固体该组织学只能马上，准确的病因本品的用到功效[9]。似乎，以后组分抗药性病因试验的固体该组织学有日益要成为标准化探测之一的倾向。血检cfDNA的其它应用领域发展前景随着cfDNA应用领域的不停改进和成熟期，用常规肾脏cfDNA样本来大规模筛查罕不知传动装置肇因甲基化获颁得了很好的希望，比如TRKA， B， C 融入甲基化在几乎大大多类别里都有表述，但比不下都不高[10]。这样，即使有很好的TRK组分类固醇，因为病人招募极其难于，制药开发设计重大突破缓慢。如果常规血检panel只能给予推广，制药病因开发设计可以大严打。其它的由此可知子象在非小细胞肝癌，c-RET的融入甲基化有1-2%，c-MET 外显子14切割甲基化在肝癌有2-4%等，都是传动装置肇因甲基化，却因为病人数幅度相对较少，严重阻碍了组分本品病因开发设计重大突破与获颁批[11]。前列腺癌里的PIK3CA 甲基化，黑素瘤里的BRAF（V600E）也是固体血检的研究热点。用肾脏cfDNA的伎俩来探测DNA的过幅度表述还极其难于。很多时候，cfDNA的表述幅度与该组织都可细胞表述含幅度不成正比。像前列腺癌的HER2探测可能还要极其多的系统性联传统习俗该组织探测伎俩。至于许多其他的类别，同样是肇因甲基化DNA不明确，组分本品缺乏的意味著，血检的普遍性和全面性还不是很明显。随着免疫疗法病因数据资料的不停积累，大规模的NGS血检数据资料也许可以基本功能预判免疫催化的概不下，用来导师潜在的本品组合。这不应是更为远方的最大限度。最后，最具社会价系数的应用领域之一是癌症同样是肝癌的更早病因了。肝癌上都5年生存能力只有18%。如果只能更早发掘不止，一期的五年生存能力将近45-49%，二期也有30%。三期14%，四期只有1% (美国癌症协会网站统计，2000年的都有的更早数据资料，过去肝癌更早生存能力不应减少了很多，不知[11])。由于肝癌属于看不不知，摸不着的类别，同时更早发病时症状也不明显，加剧大多病变确诊时已是更早。固体血检更早病因还处在起步阶段，也是Grail要努力的路径。当然，泼冷水的也大有人在，指责他们好高骛远，搞高大上全， 不如来点实在的[1]。我觉得这是一个有发展前景的路径，同样系数得善款基金投资者。